Св. Йоан бил родом от България. По някакъв случай той се поддал на дяволските козни и се отрекъл от Христа. Но подир някое време той осъзнал своето голямо прегрешение и започнал да се кае за отричането си от християнската вяра.
В знак на покаяние той отишъл на Света Гора. Там Йоан три години прислужвал на един духовен старец. Но понеже съвестта му все още не му давала покой, той винаги бил унил, печален и мълчалив. Самият му вид показвал, че е претърпял някаква голяма злополука. Като не могъл повече да понася угризенията на съвестта Йоан напуснал Св. Гора, дошъл в Цариград, облякъл се като турчин и в този си вид влязъл в джамията „Св. София“. Там той започнал да се кръсти и да се моли по християнски, което подразнило местните. Агаряните се опитали да го отклонят от неговата вероизповед, но като се убедили, че тя е непоколебима, те веднага му отсекли главата вън в двора на „Св. София“. Това станало на 5 март 1784 година.