Храмът за пръв път е споменат, когато през 1720 година Йерусалимският патриарх Хрисант Нотарас минава през града. Тогава „Св. Никола“ е спомената като енорийска църква. Явно обаче тук е имало храм, или поне духовен живот много по отдавна защото при случайни разкопки в двора на храма са намерени монети и кръстове от X-XII век.
През 1706 година, когато Пол Люкас посещава Станимака и говори за 12-те големи църкви в нея, вероятно има предвид и храм „Св. Никола“. През 1793 година Станимака е опожарена от кърджалийските орди на Мехмед Синап. През 1810 година сценария се повтаря и други кърджалийски орди, предвождани от Емин Ага отново опожаряват града, най-вероятно и църквата. Съсипаната от тези нападения Станимака започва бързо да се съвзема и църквите да се възстановяват, като една от тях е и „Св. Никола“. Храмът е построен през 1820г. и е осветен през месец май 1821 година от митрополит Паисий Еласовец. Изографисан през 1839-1840 година. Според покойният познавач на старите станимашки духовни паметници – арх. Стоилов „Св. Никола“ е построен върху стар гробищен паракли с от XVIII век.
В този храм са се черковали българите от старата част на града, защото другите две църкви са се смятали за гръцки. Нищо, че тук богослуженията са се извършвали на гръцки език, българите са имали храма за „свой“, т.е. изразявали претенции за това храма да бъде само техен. През 1906 година, когато българите превзели църквата по време на „антигръцкия“ бунт надписите на гръцки език били увредени или унищожени. След като преминава в ръцете на българите, в протокола на първото българско църковно настоятелство, което приема храма, в присъствието на свещеник Иван Бухлев, са посочени аргументите за това: – Църквата е строена от български майстори родопчани или тревненци. – Иконостасът е изработен от дебърски майстори резбари българи. – Художниците също били българи – самоковските майстори Христо и синове. – Черкуващите се християни са повечето българи. От 1906г. досега са правени редица ремонти и подобрения на сградата. През 1947 г. са укрепени основите на колоните. Поставен е нов под. През 1970 г. е монтирана озвучителна уредба – първата в града.
През 1971 г. са засадени красивите кипариси в двора. Основният ремонт на храма е през 1987-1989. Тогава основно са ремонтирани храмът, камбанарията, църковната къща, оградата. Мраморната настилка е поставена през 2001 г. През 2000 г. е уредена трапезария, в която се раздава храна всяка неделя. През 2003 г. се реализира и прицърковно училище, което досега е образовало статици деца в истините на православната вяра. Намира се в старата, югозападна част на града.
Снимка: БНР