От самото си начало християнството в Мадагаскар се разпространява бавно. Първо, защото хората са верни последователи на племенните религии. Дори вече кръстилите се последователи могат да покажат голямо влияние на древното племенно поклонение. Също така, много селища са изолирани, така че мисионерите не могат да ги посещават много често и местните жители могат да се върнат в своите култове.
За много африкански страни източноправославното християнство е донесено там от гръцки търговци. През 1953 г. в столицата Антананариво гръцките колонисти построили православен храм. След военния преврат през 1972 г. свещеникът на църквата е депортиран заедно с други чужденци.
Източното православие за първи път е донесено пред местното население през 1994 г. от йеромонах Нектариос (Kellis), който пристига от Австралия. След 5 години там има повече от 12 хиляди православни християни. В столицата Антананариво е построен храмът „Успение Богородично“ заедно с митрополия и сиропиталище за няколкостотин деца.
На 26 март 1995 г. в катедралата „Успение Богородично” митрополитът на Зимбабве Хрисостом ръкополага дякон Йоан Рикотондразафи за презвитер. Той е първият мадагаскарски свещеник. Станал е дякон в столицата на Зимбабве, град Хараре. Другият местен жител Жан-Кристос Цаканиас бил изпратен да учи в семинарията в Найроби, Кения.
На острова до 1995 г. има 63 православни енории, седем училища и 12 свещеници, които са местни жители. Източноправославната църква била призната и от правителството на Мадагаскар.
С благословията на Патриарх Петър VII на 23 септември 1997 г. Светият Синод на Александрийската църква избира отец Нектарий за първи епископ на Мадагаскар.
Мадагаскар се превръща в независима епархия преди да е част от Зимбабвийската метрополия.
Източноправославната мисия води няколко села и селища, някои от тях са напълно покръстени в Православната църква. Едно от тях е село Амбовадраманези. Това е едно от първите села, посетени от отец Нектарий. Там е една от най-силните православни общности. Това се потвърждава от случай, който се случил неотдавна. Веднъж дошли в селото двама американски баптистки мисионери. Те проповядвали три дни. Накрая обещали да построят църква, училище и болница, ако всички се обърнат към тяхната вяра. Но старецът от селото, който говорел пред всичките местни хора, им отговорил:
„Можехме да поискаме вашето заминаване още в първия ден, но слушахме какво искате да кажете. Сега, когато приключвате с проповедта си, ви молим да напуснете нашето село и никога да не се връщате. Ние не се нуждаем от вашите църкви, училища и болници, защото сме православни християни”.
Местните жители не са били кръщавани по това време и не са давали обещание да построят нещо. По-късно е построена медицинска амбулаторна клиника на парцел, подарен от гръцкия консул. Тук и митрополит Нектарий планирал да построи храм, семинария, женска обител и очна клиника.
Епископ Нектарий също подстригва първата мадагаскарска монахиня на име Христодула.
Източното православие най-често се приема от по-бедните хора. В селата и населените места хората живеят в колиби от палмови листа; параклиси и храмове обикновено са от един и същ материал. Местни свещеници служат в тези храмове и параклиси, разпръснати в селските райони. В мисиите има много работа и липса на работници. Източноправославните мисии са най-бедните по отношение на ресурсите, но се опитват да участват в програми за помощ.
Митрополит Нектарий загива в катастрофата с хеликоптер заедно с патриарх Петър VII и 15 други хора на 11 септември 2004 г. на път към Света Гора – Атон.