На 16. 11. 13 г. се престави в Господа Негово Високопреосвещенство Неврокопския митрополит Натанил, веднага след неговата кочнина Св. Синод определи Видинския митрополит Дометиан за временно управляващ Неврокопска епархия, той бе натоварен и с отговорността по организирането на погребението на дядо Натанаил.
На 19. 11. бе погребението на обичния Неврокопски митрополит. Още от предния ден стотици християни от гр. Гоце Делчев дойдоха да се простят с непрежалимия архиерей. За да изпратят в последния път Неврокопския владика, дойдоха Негово Светейшество Патриарх Неофит, митрополитите Дометиан Видински, Йоаникий Сливенски, Григорий Великотърновски, Гавриил Ловчански, Йосиф митрополит на Сащ, Канада и Австралия и Галактион Старозагорски, от епископата на БПЦ също имаше представители – Знеполски еп. Йоан, Стобийски еп. Наум, Тивериополски еп. Тихон, Велички еп. Сионий, Драговитийски еп. Даниил (духовно чедо на дядо Натанаил) Браницки еп. Григорий (духовно чедо на дядо Натанаил), Мелнишки еп. Серафим (духовно чедо на дядо Натанаил и досегашен негов викарен епископ), Крупнишки еп. Инокентий.
За да се простят със своя обичан архиерей дойдоха и множество свещеници от всичките духовни околии на Неврокопска епархия, монаси и монахини от цялата страна. както и ученици от Софийската духовна семинария и студенти в Богословския Факултет епархиоти на дядо Натанаил . Богослужението започна в 21 часа, вечерня със специалното последование на монашеското погребение, то продължи до 3 часа след полунощ.
На следващия ден в 9 часа започна Заупокойната Литургия, след нея бе извършен и чина на архиерейското опело. За да вземат молитвено участие дойдоха много монаси и архиерей от Гръцката Православна Църква и Св. Гора. Богослужението бе излъчвано директно на екрани пръснати из центъра на града.
След края на опелото множеството се отправи към митрополитската сграда, където е гробът на дядо Натанаил.
Трогателно бе последното шествие на митрополит Натанаил, от катедралния храм „Св. Успение Богородично“ до митрополитската сграда. Направен бе кордон от ученици държащи цветя в ръце, които хвърляха пред ковчега на митрополит Натанил.
При пеене тропара „Христос Възкръсна от мъртвите със смърт, смъртта потъпка и на тия, които са в гробовете живот подари“, тялото на Неврокопския митрополит Натанаил бе положено в земята.
Бог да прости, Бог да упокои душата на блажено починалия свой раб Натанаил митрополит Неврокопски.